Menurut para pejabat, virus corona SARS 2, penyebab pandemi COVID-19 yang sedang berlangsung, dinamakan demikian karena duri-duri di permukaannya yang membuatnya tampak seperti mahkota (atau corona).
Gambar presentasi (File foto | PTI)
NEW DELHI: Para peneliti di Institut Teknologi India (IIT) Mandi telah mengungkap struktur molekul wilayah protein fungsional virus COVID-19 yang dapat membantu komunitas ilmiah dalam penemuan obat.
Tim peneliti menetapkan struktur salah satu bagian protein kuku penting yang bertanggung jawab atas infektivitas virus.
Penelitian tersebut baru-baru ini dipublikasikan di jurnal ‘Virology’.
Menurut para pejabat, virus corona SARS 2, penyebab pandemi COVID-19 yang sedang berlangsung, dinamakan demikian karena duri-duri di permukaannya yang membuatnya tampak seperti mahkota (atau corona).
Protein yang membentuk paku bertanggung jawab atas penetrasi virus ini ke dalam sel inang dari bentuk kehidupan yang terinfeksi.
Mengingat pentingnya lonjakan protein dalam infektivitas virus, banyak penelitian sedang dilakukan di seluruh dunia untuk mengkarakterisasi struktur molekulnya, kata para pejabat.
Kini diketahui bahwa protein vena merupakan bagian di luar tubuh virus utama (ekstravirion), yang dikenal sebagai ektodomain; bagian yang melintasi membran virus (transmembran); dan bagian di dalam struktur virus (intravirion), yang dikenal sebagai endodomain, kata mereka.
“Tim kami menguraikan bentuk endodomain protein kuku, secara terpisah, sebagai pendekatan reduksionis.
Kami menemukan bahwa tidak ada keteraturan atau struktur, dan wilayah ini secara intrinsik tidak teratur,” kata Rajanish Giri, Associate Professor, School of Basic Sciences, IIT Mandi.
“Endodomain adalah bagian penting dari protein lonjakan karena mengandung sinyal transportasi yang membantu pergerakan protein di dalam sel inang dan dengan demikian memainkan peran penting dalam infeksi,” kata Giri.
“Karena tidak adanya tatanan atau struktur tertentu, ini adalah bagian dari Proteom Gelap virus. Hal ini juga menunjukkan bahwa endodomain dapat mengadopsi struktur yang tidak teratur sepenuhnya atau tidak teratur sebagian dalam kondisi yang berbeda,” katanya.
“Untuk mempelajari endodomain titik SARS-CoV-2, kami menggunakan algoritma komputasi canggih dan teknik laboratorium. Kami juga membuktikan, yang hingga saat ini hanya berupa spekulasi, fleksibilitas struktural wilayah C-terminal atau endodomain,” tambahnya. .
Tim tersebut menyatakan bahwa sebagian besar penelitian hanya berfokus pada ekstravirion, dan lebih sedikit informasi yang tersedia mengenai bagian transmembran dan intravirion pada protein vena.
“Kami menggunakan spektroskopi CD dan simulasi dinamika molekuler untuk menyelidiki bentuk atau konformasi wilayah intravirion lonjakan glikoprotein, yang juga dikenal sebagai wilayah terminal-C atau endodomain,” kata Prateek Kumar, pakar PhD, IIT Mandi.
“Temuan kami memberikan arahan kepada komunitas ilmiah untuk mengeksplorasi obat yang dapat menargetkan wilayah lonjakan protein ini, dengan mempertimbangkan fleksibilitas strukturalnya,” kata Kumar.
Para peneliti memvalidasi hasil simulasi dengan studi eksperimental dan menunjukkan bahwa struktur wilayah intravirion pada protein vena adalah wilayah yang secara intrinsik tidak teratur dan terisolasi.
Studi yang bergantung pada pelarut juga menunjukkan kemampuan konformasi atau perubahan bentuk endodomain ini.